Nata all’inizio del XVI secolo come cappella cimiteriale, a una sola navata, era inizialmente dedicata alla venerazione di San Rocco, San Vito e della Madonna delle Grazie. Fu un evento prodigioso, nel 1750, a esortare i fedeli ad ampliarla, innalzandola e consacrandola al culto di Santo Stefano, patrono di Baiano.La struttura architettonica della Chiesa, situata ai piedi dell’Eremo di Gesù e Maria, è a pianta basilicale; due coppie di lesene scanalate, che appoggiano su basi rettangolari e terminano con capitelli compositi, si ergono ai lati del grande portale di ingresso della facciata, sormontato da una lunetta sulla quale poggia un fregio barocco. All’interno, a tre navate, il pregevole altare maggiore è in marmi policromi; vi sono custodite una lapide risalente al 1756 e una cassa d’organo realizzata in avorio, legno ed ebano, costruita tra il 1900 e il 1910. Spiccano la statua lignea dedicata al Santo Protomartire e, sul soffitto, il dipinto ottocentesco raffigurante la Lapidazione di Santo Stefano.Proprio nella piazza antistante la Chiesa Madre, ogni anno, viene issato dinanzi al sagrato il Maio, un maestoso albero, simbolo e offerta sacra dei baianesi al Santo, in occasione dell'omonima Festa.
